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问题解析:荧光定量PCR反应结束无扩增曲线
荧光定量 PCR反应结束无扩增曲线出现这个问题的常见原因,主要可以归结为以下几种:
反应循环数不够:一般建议设置循环数为 40。
程序中未设置信号采集步骤:注意,两步法扩增程序一般将信号采集设置在退火延伸阶段;三步法扩增程序应当将信号采集设置在 72 度延伸阶段。
引物降解:长时间未使用的引物应先通过 PAGE 电泳检测完整性,以排除引物降解的可能性。
模板浓度太低:这个大家减少稀释度重复实验就可以了,一般来说,未知浓度的样品先从最高浓度做起。
模板降解:无解,请重新制备模板,可以重复实验。
溶解曲线形状异常
(1)杂峰在主峰之前,Tm 约为 70 - 75℃——一般为引物二聚体
这种情况主要有三个解决方法:
重新设计引物;
杂峰为引物二聚体,荧光定量 PCR引物二聚体主要是由于体系内引物与引物纠缠比引物与模板结合更容易导致的,可以尝试提高模板浓度、退火温度或者降低引物浓度来进行改善;
另外,当目的基因表达量极低时,染料法容易形成引物二聚体产物影响实验结果,此时,建议使用探针法定量。
(2)杂峰在主峰之后,非引物二聚体
上图这种情况就是非特异性扩增,可能是引物特异性不好引起的,也可能是空气中有气溶胶污染所导致。
大家可以先增加退火温度再试试看,如果没有改善,那么就需要重新更换引物啦。
为了避免这种麻烦,BUNSEN九游服务小编建议大家在进行荧光定量 PCR实验之前,就对自己的引物做一个特异性验证。另外,每次试验的 NTC(no template control)是一定要做的。
(3)只有引物二聚体,无目的条带
如果扩增片段过短(小于 80bp),那么仅通过融解曲线就很难区分引物二聚/目的条带。
另外,也有可能是 荧光定量 PCR 扩增效率低或者没有扩增,体系里边只有引物纠缠成的二聚体了。
总之,产物长度建议大家还是设置在 100 - 200 bp,不要太短了。
注:以上资料仅供参考!
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